После возвращения РПЦ в 2006 г.

По ходатайству епископа Читинского и Забайкальского Евстафия (Евдокимова) в декабре 2000 года Президент Бурятии Л. В. Потапов подписал распоряжение о проведении мероприятий по освобождению исторического комплекса Свято-Троицкого Селенгинского монастыря от занимавшей его Троицкой психиатрической больницы.

Начиная с 2000 года, в течение шести лет больница передавала Бурятскому благочинию одно за другим здания действующей больницы.

В октябре 2005 года по железной дороге от г. Иркутска до Дальнего Востока и обратно шествовали крестным ходом мощи святителя Иннокентия, первого епископа Иркутского. На обратном пути была сделана остановка в г. Улан-Удэ, столице Бурятии, после чего автотранспортом мощи проследовали до Свято-Троицкого монастыря, где в присутствии духовенства и многочисленного народа был совершен торжественный молебен с крестным ходом вокруг обители. Таким образом, святитель Иннокентий благословил возрождение обители, с которой долгое время связывала его судьба.

Указом епископа Читинского и Забайкальского Евстафия (Евдокимова)  в июле 2006 года первым исполняющим обязанности наместника возрождаемого Свято-Троицкого Селенгинского монастыря был назначен иеромонах Алексий (Ермолаев). Ядром новой монастырской общины стали монахи Посольского монастыря. 1 августа того же года новоприбывшая братия совершила первую Божественную литургию в восстанавливаемом Михайло-Архангельском храме.

Задачами первостепенной важности перед братией обители стали окончательная приемка зданий монастырского комплекса и минимальная внутренняя реставрация старейшего Троицкого собора обители. 11 сентября того же года, в день памяти Иоанна Крестителя, впервые за восемьдесят с лишним лет в Троицком соборе была отслужена Божественная литургия.

В декабре 2006 года весь комплекс монастырских строений был передан Русской Православной Церкви. 26 декабря 2006 года Священный Синод Русской Православной Церкви принял решение о возрождении Свято-Троицкого Селенгинского монастыря.

В настоящее  время из десяти объектов Ансамбля Селенгинского Троицкого монастыря усилиями братии обители и меценатов полностью отреставрированы и освящены два храма — Никольская церковь (в 2015 году) и уникальный по своему архитектурному исполнению надвратный храм Архангела Михаила (в 2017 году), а также восстановлены южная часть ограды монастыря, две угловыми башни и келейный корпус.

В обители возрождена духовная жизнь, совершается полный круг суточного богослужения, церковные Таинства, Крестные ходы.

Службы начинаются в 6 часов утра и заканчиваются в 22.30. Ежедневно совершается Божественная Литургия.