Монастырь до революции 1920 г.

Духовная колыбель православного Забайкалья — Свято-Троицкий Селенгинский мужской монастырь — свою историю ведет с 1675 года, когда казаки Селенгинского острога, их еще называли «нерчинскими казаками», так как они подчинялись Нерчинскому воеводе, построили на месте нынешней обители первые  монастырские строения и Никольский храм.

Это событие засвидетельствовал в своем дорожном дневнике российский посол в Китай Спафарий Николай Гаврилович, посетивший в 1675 году долину Селенги:

« А в Средней Заимке (так именовалась деревушка Троицк) служивые люди заводят монастырь во святого отца Николы, а церковь построили, и в нынешнем году тот монастырь будет построен совсем; а в Ильинской слободе хотят острожек поставить для обереганья».

Значимой вехой в истории монастыря, а фактически рождением в новом статусе, стало прибытие в Забайкалье весной 1681 года Даурской духовной миссии, обосновавшейся на месте первоначального  монастырского строения.

В указе царя Феодора Алексеевича и патриарха Иоакима от 22 февраля 1680 года об учреждении Даурской духовной миссии ей поручалось построить на реке Селенга монастырь и сделать его средоточием своей деятельности. Наказ митрополита Тобольского Павла также благословлял миссию на основание обители во имя Святой Троицы. Главной задачей миссии и монастыря была проповедь христианства среди местных народов, а также духовное окормление переселенцев из России.

По прибытии монахи сразу же приступили к работе. 31 января 1684 года в обители был освящен главный деревянный храм во имя Святой Троицы,

9 мая следующего, 1685 года, — храм святителя Николая Чудотворца. В дальнейшем, по мере развития монастыря, в нем были воздвигнуты надвратный храм Архангела Михаила и храм Всех Святых.

Первое время все постройки монастыря были деревянными, имелись мощные защитные стены. Оборонные укрепления поначалу играли значительную роль — в 1690 году монахи купили у казны 1 пуд 15 фунтов пороха; есть сведения, что в 1690-х годах монастырь находился на военном положении. В синодике первоначальных насельников-миссионеров иеромонах Серафим и монах Иоасаф значатся убиенными.

Обитель сразу была хорошо снабжена. Кроме первоначальных казённых средств, в неё поступили вклады деньгами, утварью, книгами и облачениями от царя Феодора Алексеевича, царицы Марфы Матвеевны, тобольского воеводы и стольника Ф. А. Головина, который побывал монастыре в августе 1687 года. С 1683 года Селенгинскому и Посольскому монастырям принадлежало устье Селенги с богатой рыбной ловлей ; в 1688 году Троицкому монастырю была пожалована Темлюйская деревня; а летом 1689 года монастырь получил «заречешные по Селенге покосы.» В 1704 году монастырь стал владельцем богатой Хилоцкой вотчины в нижнем течении реки Хилок, где были сосредоточены основные бурятские кочевья. В 1708 году к вотчине присоединили земли в устье Хилка, а в 1720 году — деревню Буй. В 1724 году во владение монастыря перешло Котокельское озеро со всеми впадающими в него реками, с сенокосными угодьями. В 1729 году монастырь также получил обширные сенные покосы по реке Кирети, между реками Чика и Хилок; через год — ещё пахотные земли и выгоны для скота по левобережью Хилка до Бичуры и до Кирети. Вследствии этих пожалований монастырскими стали деревни и заимки Хилоцкой вотчины: Еланская, Сухой Ручей, Бичура, Узкий Луг, Буй, Красная Слобода и Куналей. Дворы, земельные участки, промышленные заведения, принадлежавшие монастырю, появились в Иркутске, Кяхте, Селенгинске.

Административное, культурное и нравственное значение обители для истории края было определяющим. Являясь по сути  выразителем государственной политики в освоении новых земель, обитель играла важную роль в укреплении государственности на  вновь присоединенных территориях. Большое значение для развития региона имела хозяйственная, просветительская, благотворительная деятельность обители.

Обитель вела активную торговлю: на первых порах в Иркутске, позже в Верхнеудинске (ныне Улан-Удэ), Кяхте, на Преображенской ярмарке у Селенги.

Получая от правительства земли, обитель пользовалась позволением селить на своих землях «беспаспортных» и беглых людей и основывала для поселенцев новые заимки и деревни. Так, с конца XVII-XVIII века непосредственно около монастыря возникло небольшое село Троицкое. Жизнь крестьян в монастырских владениях во многом регулировалась монастырским уставом. На монастырских землях образовывались и селения крещеных бурят, стремившихся устроить свой быт на новых основаниях. Обитель была одним из ведущих насадителей нового для Забайкалья земледельческого хозяйственного уклада. Монастырские мельницы обслуживали не только приписных крестьян, но и посадских людей, а также земледельцев всего Западного Забайкалья. Количество принадлежавших обители крестьян достигало 600 человек.

Монастырь посещали многие выдающиеся религиозные, политические и государственные деятели. Некоторое время в 1720-х, во время «Селенгинского сидения,» в обители и на её землях проживал святитель Иннокентий (Кульчицкий) с другими членами Пекинской духовной миссии, которые вели отсюда проповедь Православия. На территории обители сохранился источник, освященный, по преданию, святителем Иннокентием. Бывали здесь и другие Иркутские владыки, начиная с владыки Варлаама (Коссовского), освятившего храм во имя Всех Святых. В 1719 году монастырь посетил Тобольский святитель Феодор (Лещинский). В обители в то время останавливались также все русские дипломатические и торговые деятели, направлявшиеся в Китай или в Восточное Забайкалье: Федор Алексеевич Головин, Эберхард Избрандт, Лев Васильевич Измайлов, Лоренц Ланг, Савва Лукич Владиславич-Рагузинский, Иван Дмитриевич Бухгольц, Абрам Петрович Ганнибал, и другие.

Монастырь изначально находился в ведении Тобольских митрополитов. После учреждения Иркутской епархии, обитель оказалась на её территории, но подчинялась непосредственно Святейшему Синоду, подобно ставропигии.

На 1732 год в обители имелась библиотека в 105 книг; в составе «алтиллерии оружейной»: 3 пушки, 65 самопалов, 2 палаша, 4 бочки с порохом (12 пудов 38 фунтов) и 2 пуда 30 фунтов свинца.

В 1734 году из-за опасения осложнений в отношениях с Китаем правительство России запретило миссионерскую деятельность в Восточной Сибири. Это привело к закрытию Даурской духовной миссии и сильному сужению деятельности монастыря.

Ввиду своего выдающегося значения, обитель избежала закрытия в ходе массового упразднения монастырей и изъятия их владений в 1764 году. Обитель лишилась основных земельных и рыболовных угодий, за ней была оставлена лишь небольшая часть, но монастырь был определен штатным по третьему классу и стал получать ежегодное денежное содержание от государства. К концу Синодального периода общежительный мужской монастырь оставался третьеклассным.

По мере развития обители, в ней были воздвигнуты новые храмы. В 1785 году усердием майора Карпова главный Троицкий храм был отстроен в камне, чем было положено начало каменному зодчеству в обители. В 1797 году Никольский храм был замещен Петропавловским. В 1831-1876 годах вокруг обители была возведена новая каменная стена, в которой в 1835 году был сооружен надвратный каменный храм во имя Архистратига Михаила.

К концу XIX века на монастырской территории располагались 2 каменных и 2 деревянных храма, настоятельский жилой дом, каменные и деревянные флигели, сараи, амбары, конный и скотный дворы, баня, сад и огород. Последние значительные строительные работы были проведены при архимандрите Иринархе уже в начале XX века — в 1900-1904 годах в камне был возведен Никольский храм; появились новые дома.

В обители не угасала подвижническая жизнь. В 1828 году здесь принял монашеский постриг преподобный Варлаам Чикойский.

В конце XVIII века монастырь лишился особого прямого подчинения Синоду, но продолжал оставаться важным центром, посещаемым видными людьми Церкви и государства. Проезжали через монастырь святители Софроний (Кристаллевский) в 1755 году и Иннокентий (Вениаминов) в 1868 году. Неоднократно бывали Иркутские владыки, а также все члены Российской духовной миссии в Китае вплоть до 17-й миссии. В конце июня 1891 года монастырь посетил будущий император России, цесаревич Николай Александрович, подарив сребропозлащенный напрестольный крест и пожертвовав 300 рублей.

К середине XIX века в монастырской библиотеке было более 500 книг.