Духовная колыбель православного Забайкалья — Свято-Троицкий Селенгинский мужской монастырь — свою историю ведет с 1675 года, когда казаки Селенгинского острога, их еще называли «нерчинскими казаками», так как они подчинялись Нерчинскому воеводе, построили на месте нынешней обители первые монастырские строения и Никольский храм.
Это событие засвидетельствовал в своем дорожном дневнике российский посол в Китай Спафарий Николай Гаврилович, посетивший в 1675 году долину Селенги:
« А в Средней Заимке (так именовалась деревушка Троицк) служивые люди заводят монастырь во святого отца Николы, а церковь построили, и в нынешнем году тот монастырь будет построен совсем; а в Ильинской слободе хотят острожек поставить для обереганья».
В 1917г. все земли, сенокосы и рыболовные места, принадлежащие Троицко-Селенгинскому монастырю, были объявлены государственным достоянием, и в годы коллективизации переданы бедноте.
В 1921 году монастырь был закрыт.
До 1926 года здесь располагались взрослая и детская колонии для преступников.
В мае 1926 года на территории обители начала функционировать Троицкая психиатрическая больница для взрослых. Храмы и другие здания монастыря стали использовать под отделения для больных, административные и иные помещения больницы. Число больных в 80-х годах превышало 600 человек.
По ходатайству епископа Читинского и Забайкальского Евстафия (Евдокимова) в декабре 2000 года Президент Бурятии Л. В. Потапов подписал распоряжение о проведении мероприятий по освобождению исторического комплекса Свято-Троицкого Селенгинского монастыря от занимавшей его Троицкой психиатрической больницы.
Начиная с 2000 года, в течение шести лет больница передавала Бурятскому благочинию одно за другим здания действующей больницы.
В октябре 2005 года по железной дороге от г. Иркутска до Дальнего Востока и обратно шествовали крестным ходом мощи святителя Иннокентия, первого епископа Иркутского. На обратном пути была сделана остановка в г. Улан-Удэ, столице Бурятии, после чего автотранспортом мощи проследовали до Свято-Троицкого монастыря, где в присутствии духовенства и многочисленного народа был совершен торжественный молебен с крестным ходом вокруг обители. Таким образом, святитель Иннокентий благословил возрождение обители, с которой долгое время связывала его судьба.
